Гликогенът се синтезира в храносмилателния период (1-2 часа след приемане на въглехидрати храни). Трябва да се отбележи, че синтезът на гликоген от глюкоза като всяка анаболен процес е endergonic, т.е. изисква енергия. Глюкоза вписване на клетка, фосфорилиран включващи АТР (реакция 1). След това, глюкозо-6-фосфат в обратима реакция се превръща в глюкоза-1-фосфат (реакция 2) под действието на ензим фосфоглюкомутаза на. Глюкоза-1-фосфат на термодинамичен състояние може да служи като субстрат за синтез на гликоген. Но по силата на обратимостта на реакцията на глюкозо-6-фосфат ↔ глюкоза 1-фосфат синтез на гликоген от глюкоза-1-фосфат и гниене изглежда също обратим и следователно неконтролируемо. За гликоген синтеза е термодинамично необратимо, допълнителен етап на образуване uridindi-fosfatglyukozy от UTP и глюкоза-1-фосфат (реакция 3). Ензимът катализира реакцията се нарича обратна реакция: UDP-glyukopirofosforilaza. Обаче, реакцията на обратната клетка не се случи, защото образувана по време на реакцията пирофосфат прякото бързо разцепва пирофосфатаза 2 молекули на фосфат.
UDP-глюкоза, образуван след това се използва като донор на глюкоза остатък в синтеза на гликоген (реакция 4). Тази реакция се катализира от ензима гликоген синтаза (глюкозил). Тъй като не се използва АТФ синтаза ензим, наречен вместо синтетаза в реакцията.
Разбивка на гликоген или мобилизация ще се проведе в отговор на увеличението в нужда на организма от глюкоза. Черен дроб гликоген разпада главно в интервалите между храненията, в допълнение, този процес в черния дроб и мускулите по време на ускорено физическа работа. Гликоген разбивка се осъществява чрез последователно разцепване на остатъците на глюкоза под формата на глюкоза-1-фосфат. В гликозидна връзка се разцепва с помощта на неорганичен фосфат, следователно процесът се нарича фосфорилазната и ензима гликоген фосфорилаза. Както синтеза, разцепване на гликоген започва с нередуциращи край на полизахарид верига. Наличието на гликоген разклонена структура улеснява бързото освобождаване на глюкозни единици, поради по-големия край има гликоген молекула, толкова повече молекули на гликоген фосфорилаза могат да работят едновременно. На гликоген фосфорилаза разцепва само α-1,4-гликозидна връзка (реакция 1). Последователно разцепване на остатък глюкоза се прекратява, когато клон точка 4 мономер остава. Подобна функция в действие на гликоген се дължи на размера и структурата на активната му сайт. Друг разбивка на гликоген изисква участието на два други ензими. Първо, останалите три точки на разклоняване глюкозни остатъци се прехвърлят с oligosaharidtransferazy на помощ (реакция 2) на нередуциращ край на съседна верига чрез удължаване и по този начин създаване на условия за действието на фосфорилаза. Остават в клон точка глюкозен остатък отцепят хидролитично чрез α-1,6-глюкозидаза под формата на свободна глюкоза (реакция 3), след което неразклонен част на гликоген фосфорилаза може да бъде атакуван отново. Смята се, че прехвърлянето на три глюкозни остатъци и отстраняване на мономера от точката на разклонение (реакции 2 и 3) катализира същия ензим, който има две различни ензимни активности - трансфераза и гликозидаза. Това се нарича "деразклоняващ ензим" продукти действия гликоген - глюкоза-1-фосфат - след изомеризира до глюкоза-6-фосфат фосфоглюкомутаза. Освен това, глюкозо-6-фосфат е включена в процеса на катаболизъм или други метаболитни пътища. В черния дроб (не мускул) глюкоза-6-фосфат може да се хидролизира до образуване на глюкоза, която се освобождава в кръвта. Тази реакция се катализира от ензима глюкоза-6-фосфатаза. Реакцията се среща в лумена на ER, където от специален протеин се пренася глюкоза-6-фосфат. Ензимът е локализиран в мембраната ER по такъв начин, че неговият активен сайт превръща в лумена на ER. продуктите на хидролизата (глюкоза и неорганичен фосфат) и се връщат в цитоплазмата чрез транспортни системи.
