Химия и инженерна химия
Тези карти често се наричат карти Рамачандран. и - глицин карта като не странична верига. като се използва моделът на твърди сфери с нормална и долна граница (---) контакт разстояние. privedeinymn маса. 2.1. В някои райони, определяне на забранените контакти. Наименования атоми са показани на Фиг. 2.2. б - аминокиселини карта. съдържащ атом, е изграден при използване на същия модел на твърди сфери. Показани полето конформация и spiraln-Р-нагънат лист п колаген. Маркирано пространствено препятствие. причинени от атом, е голяма площ, които намаляват glntsina към споменатия фа Фигура малка площ. Три разрешено област понякога по-долу - на дясната спирала, и областта около иконата, AL - отляво-спирална област (0, 1))) (L-60 -1-60) д - удължена верига. района около иконата на стр. Ако приемем, че моделът на твърди сфери (- - - --- нормални радиуси радиуси, съответстваща долна граница) определена зона е позволено за поли-Ь-Numbers-alaiina. В структурата, показана на Фиг. 2.6, определени X, конформация, съответстваща на поли-Ь-proliiu I (напълно цис) се обозначават като X, кръг. [C.31]
Backbone двустенните ъгли за остатък 13, около 2500 протеини [30]. Тази карта понякога се нарича Рамачандран карта. [С.32]
Графично, конформационни параметрите на полипептидната верига удобно представени с карти, предлагани от G. Ramachaidra г-н 1963 г. (Рамачандран карта) и отражение на баланса на силите и зависимост от параметрите (фиг. 36). стойности ъгъл ((и нанесени на осите от -180 до 180 в силата на взаимодействието между заместници в ъглите на пептидната верига и не могат да поемат никаква стойност -. да се само няколко отделни области (показани в тъмен цвят на карта), които съответстват на право енергично благоприятни конформации на. т. д пептидната верига. същество, са областите на минималната енергия. те са доста компактен локализация предполага, че ъглите и I- са свързани помежду си, промяна в един от тях ще доведе втората промяна. например Emer, ако IP ъгъл става стойност в диапазона от 60 - I20, ъгълът на енергично благоприятна стойност не е по-голям от - 60 "[c.87].
Изпълнено при тези условия конформация на протеина и пептид се определя от сумата на всички тези взаимодействия и е най-благоприятно енергично. което е отразено в съответните ъгли удари разрешена площ koiforma-tsioinyh Рамачандран карти. [C.91]
I5 0 ° съответства на енергия малко по-висока от 1 ккал / мол и следователно е доста приемлив (Ramachandran карта на тази област е забранено, но някои експериментални точки, разположени там). Пространството ограничена от контура 1 ккал / Mol, заема 60% карта, докато региона обвити в екстремни граници, обхваща 61% от пространството (р, п]). Има най-ниската енергия под формата на гофрирани, че за дадена [c.372]
Ограничава структурен мобилността на пептиди са сравнително малки - (. Виж razd.1.4.2) те са възможни в рамките на енергично позволено зона, показана на Рамачандран карти. Конформационните промени в активна tsent- [c.285]
Конформация лиганди съответстват на право области за ъгли F и F карти Ramachandran (ср tabl.70 и Фигура 7). Значителни различия. може да се наблюдава на конфигурациите на страничните вериги. но разликата в енергиите на тези конструкции на обикновено са малки. По този начин, ароматен пръстен formiltriptofana при свързване завърта приблизително 60 ° по отношение на оптималната концентрация [c.286]
Свързани статии